История Казахской государственной медицинской академии начинается в конце октября 1964 года, когда Центральным комитетом КП Казахстана и Советом Министров республики было принято постановление об основании Медицинского института в городе Целинограде. В течение последующих нескольких лет институт интенсивно развивался, появлялись новые факультеты и кафедры, профессорско-педагогический коллектив вуза пополнялся высококвалифицированными специалистами и ценными кадрами. За 10 лет работы Медицинский институт добился огромных успехов, сотрудниками вуза было защищено более 100 докторских и кандидатских диссертаций, начато строительство двух новых девятиэтажных общежитий.
1997 год в истории вуза ознаменован почётным повышением статуса учебного заведения, а именно преобразование из института в академию. Свой сорокалетний юбилей академия встретила в расцвете сил, гордясь 12 тысячами врачей, выпущенными за годы существования академии. В это время в Алма-Ате создаётся Учебно-методическое объединение (УМО) медицинских вузов РК. С апреля 2002 года УМО медицинских вузов Республики Казахстан является самостоятельной и базируется при Казахской медицинской академии.
Миссией современной Казахской государственной медицинской академии является подготовка конкурентоспособных, владеющих инновационными технологиями, знаниями и гармонично развитых профессионалов, способных оказывать качественные и безопасные медицинские услуги в условиях глобализации мирового сообщества 21 века.
Обучение в академии осуществляется на следующих факультетах:
Факультет лечебного дела и восточной медицины Педиатрический факультет Факультет общей медицины Факультет дополнительного медицинского образования Факультет общественного здравоохранения, медико-биологического, медико-профилактического дела Стоматологический и фармацевтический факультет Факультет сестринского дела Также на базе академии функционируют 10 филиалов научных центров и научно-исследовательских институтов:
Филиал НЦ хирургии Филиал НЦ охраны материнства и детства Филиал НИИ онкологии и радиологии Филиал НИИ туберкулеза Филиал НЦ урологии Филиал НИИ кардиологии Филиал НИИ кожвен болезней Филиал НИИ глазных болезней Филиал НЦ педиатрии и детской хирургии Филиал формирования здорового образа жизни При академии регулярно издаются журналы: "Астана медициналыќ журналы", "Валеология", "Оториноларингология".